NadPrep?? 血漿游離DNA雙端分子標簽文庫構建試劑盒（for Illumina??）
該試劑盒搭配雙端分子標簽（Unique Molecular Identifier, UMI）接頭，可滿足血漿游離 DNA 超低頻突變分析的需求。
- 產品詳情
- 產品組分
- 常見問題
- 訂購信息
- 資料下載
產品特色
- 適用于血漿游離 DNA
- 樣本起始量低，文庫轉化率高
- 雙端分子標簽接頭助力低頻突變分析
- 包含 DNA 純化磁珠，并適配優化的片段篩選方案
建庫流程
產品表現
來源于 2 個健康捐獻者的血漿游離 DNA 以 1% 比例混合，用于模擬游離血漿 DNA 中低頻突變位點的檢測，文庫制備總投入量為 10 ng；針對已知 SNP 位點設計捕獲 panel（圖 1）。通過 Illumina HiSeq X, PE150 平臺測序后，利用雙端分子標簽（UMI），在不同分析與過濾方法下進行低頻突變分析（表 1）。
圖 1. 低頻突變模擬模型。來源于2個健康捐獻者的 cfDNA 以 1% 比例混合，文庫制備總投入量為 10 ng。1% 及 0.5% 模擬突變位點數量統計如右表所示。
表 1. 分析與過濾方法
|
分析模式 |
詳情 |
|
No UMI |
根據片段在基因組上比對的起始、終止位點去除重復。 |
|
SSCS |
利用單鏈分子標簽進行一致性分析（Call Molecular Consensus Reads），形成單鏈一致性序列（Single Strand Consensus Sequences, SSCS）。 |
|
DCS211 |
利用雙鏈分子標簽，即互補鏈（Top / Bottom）分子標簽進行一致性分析，形成雙鏈一致性序列（Duplex Consensus Sequences, DCS），且Top與Bottom Reads均 ≥ 1。 |
|
DCS633 |
利用雙鏈分子標簽，即互補鏈（Top / Bottom）分子標簽進行一致性分析，形成 DCS，且 Top 與 Bottom Reads 均 ≥ 3。 |
|
DCS211 (≥ 2) |
在 DCS211 的基礎上，支持該突變的 DCS 一致性序列 ≥ 2。 |
|
DCS633 (≥ 2) |
在 DCS633 的基礎上，支持該突變的 DCS 一致性序列 ≥ 2。 |
突變頻率符合預期
圖 2. 1% 與 0.5% 模擬突變位點的頻率估算。
不同分析模式過濾背景“噪音”
圖 3. 不同分析模式對背景噪音的過濾。
靈敏度與陽性預測值
圖 4. 1% 和 0.5% 模擬突變位點在不同分析模式下的靈敏度（A）與陽性預測值（B）。
本產品僅限研究使用，不用于臨床診斷。
通用建庫模塊
| 包裝編號 | 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1002101 (24 rxn) |
包裝體積 1002103 (96 rxn) |
| Box1 |
|
EndRepair & A-Tailing Buffer | 180 μL | 690 μL |
|
|
End Repair & A-Tailing Enzyme | 120 μL | 460 μL | |
|
|
Ligation Buffer | 750 μL | 2×1500 μL | |
|
|
DNA Ligase | 60 μL | 230 μL | |
|
|
2X HiFi PCR Master Mix | 720 μL | 2×1600 μL | |
|
|
NadPrep Amplification Primer Mix II | 145 μL | 650 μL | |
|
/ |
Nuclease Free Water | 2.5 mL | 8 mL | |
|
|
TE Solution | 1 mL | 4 mL | |
| Box2 |
/ |
NadPrep SP Beads | 4 mL | 15 mL |
分子標簽接頭模塊
管蓋顏色
組分名稱
包裝體積
1103111 (24 rxn)
包裝體積
1103121 (96 rxn)
包裝體積
1103122 (96 rxn)
NadPrep Universal UDI-Index
Primer Mix #
12×15 μL
24×25 μL
24×25 μL
NadPrep UMI Adapter
60 μL
230 μL
230 μL
NadPrep Amplification Primer Mix II
20 μL
75 μL
75 μL
NadPrep? 血漿游離 DNA 雙端分子標簽文庫構建試劑盒對 cfDNA 樣本的定量及片段質檢，建議如下：
|
類別 |
要求 |
||
|---|---|---|---|
|
提取試劑盒推薦 |
cfDNA |
QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit（Qiagen；貨號：55114） |
|
|
溶劑 |
推薦使用無核酸酶水、0.1 × TE（low TE）、10 mM Tris-HCl（pH 8.0~8.5）或提取試劑盒配備的Buffer溶解DNA樣品。酶切片段化試劑多對EDTA濃度敏感，應避免使用含EDTA的溶劑溶解。如有必要可進行1.8-2.0 ×磁珠純化去除。 |
||
|
定量 |
基于分光光度計原理的NanoDrop和基于雙鏈DNA熒光染料的Qubit?、PicoGreen?進行定量。 |
||
|
純度 |
OD260/OD280=1.8-2.0；OD260/OD230=2.0-2.5。OD260/OD280>1.9表明有 RNA 污染，<1.6表明有蛋白質、酚等污染；OD260/OD230<2.0，則表明有碳水化合物、鹽類或者有機溶劑污染。 |
||
|
片段分布 |
cfDNA |
Bioanalyzer或Bioptic（Qsep）分析主峰~160 bp，次峰~320 bp。 |
|
納昂達針對Illumina?平臺目前有以下接頭類型可供選擇，用以與NadPrep?DNA建庫模塊搭配，形成完整的 DNA 文庫構建體系。
|
接頭類型 |
貨號 |
說明 |
推薦應用 |
|---|---|---|---|
|
NadPrep?UDI Adapter |
24 rxn，Index 1-12，1003221 24 rxn，Index 13-24，1003222 480 rxn，Index 289-384，1003227 |
雙端唯一8 nt index全長接頭；1-384種 |
全基因組、宏基因組、液相雜交靶向捕獲測序 |
|
NadPrep?UMI Adapter |
96 rxn，1003431 96 rxn，1003432 480 rxn，1003439 |
含隨機分子標簽通用短接頭，可搭配雙端唯一8 nt index引物，構建全長文庫；1-384種 |
低頻突變檢測（~1%或以下突變頻率） |
接頭比例過高會導致接頭或接頭二聚體殘留；接頭比例若不足則會影響連接效率進而降低文庫產量。接頭使用還應注意保存方式、稀釋方法和稀釋濃度：
? 保存：避免反復凍融，如欲多次使用，應提前分裝；
? 稀釋液：推薦使用試劑盒內TE Solution進行接頭的稀釋，但稀釋液不建議長期保存；
? 稀釋用量：根據樣本起始投入量、片段大小，計算合適的接頭與DNA片段摩爾比，可達最佳產量。具體推薦摩爾比，可參考相關說明書。
? 注意事項：保持連接反應在冰上進行，接頭與連接體系分別加入，避免提前自連。
文庫長度分布可通過凝膠電泳、Bioanalyzer或者 Bioptic（Qsep）等生物分析系統進行檢測，但應注意不同分析儀器的文庫片段讀數可能會存在一定的偏差。常見的異常文庫片段分布原因如下：
|
異常峰型 |
產生原因 |
解決辦法 |
|---|---|---|
|
有多個短片段（~50 bp）小峰 |
接頭冗余 |
合適的Input DNA量和接頭使用量；注意加樣及連接條件 |
|
有雙峰（額外單個短片段峰） |
過度擴增 |
降低Input DNA量，降低擴增循環數 |
|
額外有長片段峰 |
磁珠殘留 |
純化步驟時小心操作，以去除全部磁珠 |
|
產品 |
詳情 |
貨號 |
|
NadPrep?? DNA Library Preparation Kit (for Illumina??) G24 |
24 rxn |
1002101 |
|
NadPrep?? DNA Library Preparation Kit (for Illumina??) E96 |
96 rxn |
1002103 |
|
NadPrep?? UMI Adapter Kit Set A1 (with 10 nt Index), 24 rxn |
1-12 |
1103111 |
|
NadPrep?? UMI Adapter Kit Set B1 (with 10 nt Index), 96 rxn |
1-24 |
1103121 |
|
NadPrep?? UMI Adapter Kit Set B2 (with 10 nt Index), 96 rxn |
25-48 |
1103122 |
本產品僅限研究使用，不用于臨床診斷。
我們的工作人員將在1個工作日內與您取得聯系。
如果有任何問題，歡迎聯系
400 8717 699 或 support@njnad.com。