NadPrep?? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for Illumina??）
#1003211 #1003212
#1003213 #1003221 #1003224
#1003240 #1003241 #1003242
#1003251 #1003252 #1003253 #1003254
#1003261 #1003262 #1003263 #1003264
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產品特色
- 適用于血液、新鮮組織 gDNA / FFPE DNA / cfDNA 樣本
- 樣本起始量低，文庫轉化率高
- 搭配雙端唯一樣本標簽（Unique Dual Indexes, UDI）接頭，改善 Illumina?? 測序平臺的樣本標簽錯配問題
- 包含 DNA 純化磁珠，并適配優化的片段篩選方案
- 可搭配雙端分子標簽接頭，助力低頻突變分析
建庫應用
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應用方向 |
樣本類型 |
推薦起始量（片段化后） |
|
全基因組測序 |
動植物 DNA（無嚴重降解） |
50-500 ng |
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細胞外游離 DNA（無大片段污染） |
≥ 1 ng（取決于分析要求） |
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微生物基因組 DNA |
1-500 ng |
|
|
靶向捕獲測序 |
gDNA（無嚴重降解） |
≥ 50 ng（取決于樣本質量*） |
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FFPE DNA（片段長度 > 500 bp） |
≥ 100 ng（取決于樣本質量*） |
|
|
細胞外游離 DNA（無大片段污染） |
≥ 1 ng（取決于分析要求） |
建庫流程
產品表現
文庫產出穩定高效
圖1. 搭配不同類型接頭的文庫產出和片段分布。A. NadPrep? DNA Library Prepration Kit (for Illumina?) 分別搭配 NadPrep? Universal Stubby Adapter (UDI) Module 和 NadPrep? UDI Adapter Module (for Illumina?) 的文庫產出；B. 搭配 NadPrep? Universal Stubby Adapter (UDI) Module 的片段分布示例；C. 搭配 NadPrep? UDI Adapter Module (for Illumina?) 的片段分布示例 (Agilent 2100 Bioanalyzer)。
注：樣本為人類女性基因組 DNA (Promega-Female, G1521)。
文庫覆蓋均一
圖2. NadPrep?? for Illumina?? 全基因組文庫的 GC 偏好。A. 金黃色葡萄球菌（GC% = 33），B. 腸沙門氏菌（GC% = 52）及 C. 綠膿桿菌（GC% = 67）等不同 GC 含量的基因組，以 10 ng DNA 為起始量所制備文庫。橫坐標為 100 bp 區域的 GC 含量，柱狀圖顯示 GC 含量分布，曲線代表不同 GC 含量 100 bp 區域均一化后的平均覆蓋深度。
檢測準確度高
圖3. NadPrep?? for Illumina?? 對標準品突變頻率的檢測準確度。以經福爾馬林處理（輕度）的多重位點混合型定量標準品（Horizon Discovery, HD798）測試，變異頻率來自 Vardict 分析結果。
通用建庫模塊
/
/
包裝編號
管蓋顏色
組分名稱
包裝體積
1002101 (24 rxn)
包裝體積
1002103 (96 rxn)
Box1
EndRepair & A-Tailing Buffer
180 μL
690 μL
End Repair & A-Tailing Enzyme
120 μL
460 μL
Ligation Buffer
750 μL
2×1500 μL
DNA Ligase
60 μL
230 μL
2X HiFi PCR Master Mix
720 μL
2×1600 μL
NadPrep
Amplification Primer Mix II
145 μL
650 μL
Nuclease Free Water
2.5 mL
8 mL
TE Solution
1 mL
4 mL
Box2
NadPrep SP Beads
4 mL
15 mL
通用截短型雙端唯一接頭模塊
| 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1003240 (24 rxn) |
包裝體積 1003241 (96 rxn) |
包裝體積 1003242 (96 rxn) |
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NadPrep Universal UDI-index Primer Mix # | 12×15 μL (Tube) | 24×25 μL (Tube) | 24×25 μL (Tube) |
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NadPrep Universal Stubby Adapter | 60 μL (Tube) | 230 μL (Tube) | 230 μL (Tube) |
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NadPrep Amplification Primer Mix II | 20 μL (Tube) | 75 μL (Tube) | 75 μL (Tube) |
| 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1003251 (96 rxn) |
包裝體積
1003252 (96 rxn) |
包裝體積
1003253 (96 rxn) |
包裝體積
1003254 (96 rxn) |
|
|
NadPrep Universal UDI-index Primer Mix # | 96×8 μL (Plate) | 96×8 μL (Plate) | 96×8 μL (Plate) | 96×8 μL (Plate) |
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NadPrep Universal Stubby Adapter | 260 μL (Tube) | 260 μL (Tube) | 260 μL (Tube) | 260 μL (Tube) |
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|
NadPrep Amplification Primer Mix II | 75 μL (Tube) | 75 μL (Tube) | 75 μL (Tube) | 75 μL (Tube) |
| 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1003261 (1152 rxn) |
包裝體積
1003262 (1152 rxn) |
包裝體積
1003263 (1152 rxn) |
包裝體積
1003264 (1152 rxn) |
|
|
NadPrep Universal UDI-index Primer Mix # | 96×72 μL (Tube) | 96×72 μL (Tube) | 96×72 μL (Tube) | 96×72 μL (Tube) |
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NadPrep Universal Stubby Adapter | 2×1350 μL (Tube) | 2×1350 μL (Tube) | 2×1350 μL (Tube) | 2×1350 μL (Tube) |
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|
NadPrep Amplification Primer Mix II | 900 μL (Tube) | 900 μL (Tube) | 900 μL (Tube) | 900 μL (Tube) |
全長型雙端唯一接頭模塊（for Illumina）
| 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1003211 (24 rxn) |
包裝體積 1003222 (24 rxn) |
包裝體積 1003211 (96 rxn) |
包裝體積 1003212 (96 rxn) |
包裝體積 1003213 (192 rxn) |
包裝體積 1003224* (480 rxn) |
|
|
NadPrep UDI Adapter # | 12×10 μL (Tube) | 12×10 μL (Tube) | 12×22 μL (Tube) | 12×22 μL (Tube) | 24×22 μL (Tube) | 96×3.5 μL (Plate)×5 |
NadPrep?DNA 通用型文庫構建試劑盒兼容多種類型樣本的文庫構建，包括全血 gDNA、FFPE、血漿 cfDNA 等。對于復雜樣本的處理（如 FFPE 組織樣本），推薦從源質控。樣本應選取合適的提取試劑盒，并進行相應的定量及片段質檢，建議如下：
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類別 |
要求 |
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|---|---|---|
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提取試劑盒 推薦 |
常規 gDNA |
血液/細胞/組織基因組DNA提取試劑盒（天根；貨號：DP304） |
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cfDNA |
QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit（Qiagen；貨號：55114） |
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|
FFPE 組織 gDNA |
QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen；貨號：56404） |
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溶劑 |
推薦使用無核酸酶水、0.1 × TE（low TE）、10 mM Tris-HCl（pH 8.0~8.5）或提取試劑盒配備的 Buffer溶解 DNA 樣品。酶切片段化試劑多對 EDTA 濃度敏感，應避免使用含 EDTA 的溶劑溶解。如有必要可進行1.8-2.0 ×磁珠純化去除。 |
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|
定量 |
基于分光光度計原理的 NanoDrop 和基于雙鏈 DNA 熒光染料的Qubit?、PicoGreen?進行定量。 |
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|
純度 |
OD260/OD280=1.8~2.0；OD260/OD230=2.0~2.5。OD260/OD280>1.9表明有RNA污染，<1.6表明有蛋白質、酚等污染；OD260/OD230<2.0，則表明有碳水化合物、鹽類或者有機溶劑污染。 |
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|
片段分布 |
常規 gDNA |
1% 的瓊脂糖凝膠電泳時，>15 kb 的清晰主帶。 |
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cfDNA |
Bioanalyzer或 Bioptic（Qsep）分析主峰~160 bp，次峰~320 bp。 |
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|
FFPE 組織 gDNA |
1% 的瓊脂糖凝膠電泳或生物分析儀，如 Agilent 2100 進行樣本完整性評估。 |
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納昂達針對Illumina?平臺目前有以下接頭類型可供選擇，用以與NadPrep?DNA建庫模塊搭配，形成完整的 DNA 文庫構建體系。
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接頭類型 |
貨號 |
說明 |
推薦應用 |
|---|---|---|---|
|
NadPrep?UDI Adapter |
24 rxn，Index 1-12，1003221 24 rxn，Index 13-24，1003222 480 rxn，Index 289-384，1003227 |
雙端唯一8 nt index全長接頭；1-384種 |
全基因組、宏基因組、液相雜交靶向捕獲測序 |
|
NadPrep?UMI Adapter |
96 rxn，1003431 96 rxn，1003432 480 rxn，1003439 |
含隨機分子標簽通用短接頭，可搭配雙端唯一8 nt index引物，構建全長文庫；1-384種 |
低頻突變檢測（~1%或以下突變頻率） |
接頭比例過高會導致接頭或接頭二聚體殘留；接頭比例若不足則會影響連接效率進而降低文庫產量。接頭使用還應注意保存方式、稀釋方法和稀釋濃度：
? 保存：避免反復凍融，如欲多次使用，應提前分裝；
? 稀釋液：推薦使用試劑盒內TE Solution進行接頭的稀釋，但稀釋液不建議長期保存；
? 稀釋用量：根據樣本起始投入量、片段大小，計算合適的接頭與DNA片段摩爾比，可達最佳產量。具體推薦摩爾比，可參考相關說明書。
? 注意事項：保持連接反應在冰上進行，接頭與連接體系分別加入，避免提前自連。
適用于片段化后 DNA 分布范圍較寬且期望得到穩定的數據產出的情況。但獲得狹窄峰型也會降低文庫豐度，故操作少量樣本時應注意損耗。雙篩分為片段化后雙篩、連接后雙篩兩種。在雙篩的過程中短片段損失更多但分布更集中，而長片段與之相反。由于連接后雙篩時已引入了接頭，因此相對片段化后雙篩損失更少，但峰型相對較寬。此時還應注意：
? 任意形式的雙篩都會帶來 DNA 的損耗，因此擴增循環數需要至少增加 1 個循環；
? 任意形式的雙篩都會帶來原始文庫豐度的損耗，可能會導致測序數據中的重復率的增加；
? 打斷片段的平均大小應接近預期片段大小，以減少樣本損失。
文庫長度分布可通過凝膠電泳、Bioanalyzer或者 Bioptic（Qsep）等生物分析系統進行檢測，但應注意不同分析儀器的文庫片段讀數可能會存在一定的偏差。常見的異常文庫片段分布原因如下：
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異常峰型 |
產生原因 |
解決辦法 |
|---|---|---|
|
有多個短片段（~50 bp）小峰 |
接頭冗余 |
合適的Input DNA量和接頭使用量；注意加樣及連接條件 |
|
有雙峰（額外單個短片段峰） |
過度擴增 |
降低Input DNA量，降低擴增循環數 |
|
額外有長片段峰 |
磁珠殘留 |
純化步驟時小心操作，以去除全部磁珠 |
| 類別 | 產品 | 詳情 | 貨號 |
| 建庫模塊 | NadPrep?? DNA Library Preparation Kit (for Illumina??) G24 | 24 rxn | 1002101 |
| NadPrep?? DNA Library Preparation Kit (for Illumina??) E96 | 96 rxn | 1002103 | |
| 通用截短型雙端唯一接頭 | NadPrep?? Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set A1, 24 rxn |
Index
1-12 24 rxn |
1003240 |
| NadPrep?? Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set B1, 96 rxn |
Index
1-24 96 rxn |
1003241 | |
| NadPrep?? Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set B2, 96 rxn |
Index
25-48 96 rxn |
1003242 | |
| NadPrep?? Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E1, 96 rxn |
Index
1-96 96 rxn |
1003251 | |
| NadPrep?? Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E2, 96 rxn |
Index
97-192 96 rxn |
1003252 | |
| NadPrep?? Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E3, 96 rxn |
Index
193-288 96 rxn |
1003253 | |
| NadPrep?? Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E4, 96 rxn |
Index
289-384 96 rxn |
1003254 | |
| NadPrep?? Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set F1, 1152 rxn |
Index
1-96 1152 rxn |
1003261 | |
| NadPrep?? Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set F2, 1152 rxn |
Index
97-192 1152 rxn |
1003262 | |
| NadPrep?? Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set F3, 1152 rxn |
Index
193-288 1152 rxn |
1003263 | |
| NadPrep?? Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set F4, 1152 rxn |
Index
289-384 1152 rxn |
1003264 | |
| 全長型雙端唯一接頭模塊 | NadPrep?? UDI Adapter Kit, Set A (for Illumina??) |
Index
1-12 300 pmol / 接頭 |
1003211 |
| NadPrep?? UDI Adapter Kit, Set B (for Illumina??) |
Index
13-24 300 pmol / 接頭 |
1003212 | |
| NadPrep?? UDI Adapter Kit, Set A&B (for Illumina??) |
Index
1-24 300 pmol / 接頭 |
1003213 | |
| NadPrep?? UDI Adapter Kit Set C1 (for Illumina??) | 24 rxn | 1003221 | |
| NadPrep?? UDI Adapter Kit Set D1 (for Illumina??) | 480 rxn | 1003224 |
產品資料
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NadPrep? Universal Stubby Adapter (UDI) Module
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NadPrep?? DNA 通用型文庫構建試劑盒彩頁（for Illumina??）
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文庫構建模塊和接頭模塊參考指南 (for Illumina?)
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Universal Stubby Adapter (UDI) Index Sequence
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UDI Adapter & Index Sequence
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[使用說明] -
NadPrep?? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for Illumina??）使用說明書v4.1
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NadPrep?? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for Illumina??）使用說明書v3.4
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