NadPrep?? 血漿游離 DNA 雙端分子標簽文庫構建試劑盒（for MGI）
#1003811 #1003821 #1003822 #1003820
#1003911 #1003921 #1003922 #1003925 #1003926
該試劑盒搭配雙端分子標簽（Bi-Molecular Identifier, BMI）接頭，可滿足血漿游離 DNA 低頻突變分析的需求。
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產品特色
- 適用于血漿游離 DNA
- 樣本起始量低，文庫轉化率高
- 雙端分子標簽接頭助力低頻突變分析
- 包含 DNA 純化磁珠，并適配優化的片段篩選方案
-
單端接頭（Single Index, SI）和雙端唯一接頭（MGI Unique Dual Index, MDI）可選
建庫應用
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應用方向 |
樣本類型 |
推薦起始量 |
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全基因組測序 |
血漿游離 DNA（無大片段污染） |
≥ 1 ng（依據檢測需求調整） |
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靶向捕獲測序 |
血漿游離 DNA（無大片段污染） |
≥ 1 ng（依據檢測需求調整） |
建庫流程
產品表現
文庫產出穩定高效
圖1. NadPrep?? 血漿游離 DNA 雙端分子標簽文庫構建試劑盒（for MGI）對不同 DNA 起始量的文庫產出。A. 搭配 NadPrep?? BMI Adapter (MDI) Module 時 cfDNA 文庫的產出穩定；B. 搭配 MDI 接頭模塊時的 cfDNA 文庫片段分布示例（Agilent 2100 Bioanalyzer）。
分子標簽助力低頻突變分析
圖2. 雙端分子標簽分析原理示意圖。
來源于兩個健康捐獻者的 cfDNA 以 1% 比例混合，文庫制備總投入量為 10 ng，人工模擬 1% 及 0.5% 突變。在 MGISEQ-2000 測序平臺上，利用雙端分子標簽，在不同分析與過濾方法下進行低頻突變分析的結果示例如下。
表1. 低頻突變分析過濾方法
分析與過濾方法
詳情
No BMI
根據片段在基因組上比對的起始、終止位點去除重復。
SSCS
利用單鏈分子標簽進行一致性分析（Call Molecular Consensus Reads），形成單鏈一致性序列（Single Strand Consensus Sequence, SSCS）。
DCS211 / DCS633
利用雙鏈分子標簽，即互補鏈（Top / Bottom）分子標簽進行一致性分析，形成雙鏈一致性序列（Duplex Consensus Sequence, DCS），且 Top 與 Bottom Reads 均 ≥1（DCS211）/ 3（DCS633）。
DCS211 (≥ 2) / DCS633 (≥ 2)
在DCS211 / DCS633 的基礎上，支持該突變的DCS一致性序列 ≥ 2。
圖3. 不同分析模式對于 1% 和 0.5% 模擬突變位點的 A. 靈敏度與 B. 陽性預測值。
圖4. 不同分析模式對背景 “噪音” 的過濾情況。
本產品僅限研究使用，不用于臨床診斷。
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包裝編號
管蓋顏色
組分名稱
包裝體積
1002211(24 rxn)
包裝體積
1002212 (96 rxn)
Box1
EndRepair & A-Tailing Buffer
180 μL
690 μL
End Repair & A-Tailing Enzyme
120 μL
460μL
Ligation Buffer
750 μL
2×1500 μL
DNA Ligase
60 μL
230 μL
2X HiFi PCR Master Mix
720 μL
2×1600 μL
NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, SI)
20 μL
75 μL
NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, DI)
20 μL
75 μL
Nuclease Free Water
2.5 mL
8 mL
TE Solution
1 mL
4 mL
Box2
NadPrep SP Beads
4 mL
15 mL
分子標簽接頭模塊
| 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1003811 (24 rxn) |
包裝體積 1003821 (96 rxn) |
包裝體積 1003822(96 rxn) |
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NadPrep M-Index (SI) Primer Mix # | 12×15 μL | 24×25 μL | 24×25 μL |
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NadPrep BMI-Adapter | 60 μL | 230 μL | 230 μL |
| 包裝編號 | 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1003820 (480 rxn) |
| Box1 |
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NadPrep M-Index (SI) Primer Mix # | 96×30 μL |
| Box2 |
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NadPrep BMI-Adapter | 1100 μL |
雙端唯一接頭模塊
| 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1003911 (24 rxn) |
包裝體積 1003921 (96 rxn) |
包裝體積 1003922(96 rxn) |
包裝體積 1003925 (96 rxn) |
包裝體積 1003926 (96 rxn) |
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NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix # | 12×15 μL | 24×25 μL | 24×25 μL | 24×25 μL | 24×25 μL |
|
|
NadPrep BMI-Adapter | 60 μL | 230 μL | 230 μL | 230 μL | 230 μL |
NadPrep? 血漿游離 DNA 雙端分子標簽文庫構建試劑盒對 cfDNA 樣本的定量及片段質檢，建議如下：
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類別 |
要求 |
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|---|---|---|---|
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提取試劑盒推薦 |
cfDNA |
QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit（Qiagen；貨號：55114） |
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溶劑 |
推薦使用無核酸酶水、0.1 × TE（low TE）、10 mM Tris-HCl（pH 8.0~8.5）或提取試劑盒配備的Buffer溶解DNA樣品。酶切片段化試劑多對EDTA濃度敏感，應避免使用含EDTA的溶劑溶解。如有必要可進行1.8-2.0 ×磁珠純化去除。 |
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定量 |
基于分光光度計原理的NanoDrop和基于雙鏈DNA熒光染料的Qubit?、PicoGreen?進行定量。 |
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純度 |
OD260/OD280=1.8-2.0；OD260/OD230=2.0-2.5。OD260/OD280>1.9表明有 RNA 污染，<1.6表明有蛋白質、酚等污染；OD260/OD230<2.0，則表明有碳水化合物、鹽類或者有機溶劑污染。 |
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片段分布 |
cfDNA |
Bioanalyzer或Bioptic（Qsep）分析主峰~160 bp，次峰~320 bp。 |
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接頭比例過高會導致接頭或接頭二聚體殘留；接頭比例若不足則會影響連接效率進而降低文庫產量。接頭使用還應注意保存方式、稀釋方法和稀釋濃度：
? 保存：避免反復凍融，如欲多次使用，應提前分裝；
? 稀釋液：推薦使用試劑盒內TE Solution進行接頭的稀釋，但稀釋液不建議長期保存；
? 稀釋用量：根據樣本起始投入量、片段大小，計算合適的接頭與DNA片段摩爾比，可達最佳產量。
? 不同的接頭類型應用推薦如下表：
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應用 |
推薦NadPrep接頭 |
可選NadPrep接頭 |
|---|---|---|
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全基因組、宏基因組、液相雜交靶向捕獲測序 |
Universal Adapter (SI/DI) Module |
BMI Adapter (SI/DI) Module |
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RNA測序 |
BMI Adapter (SI/DI) Module |
Universal Adapter (SI/DI) Module |
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低頻突變檢測（~1%或以下突變頻率） |
BMI Adapter (SI/DI) Module |
- |
推薦以下操作以提高回收效率：適當增加孵育時間；適當提高磁珠純化倍數（如純化樣本步驟，非片篩）；使用新鮮配制的 80% 乙醇。
針對不同建庫方式及后續應用，推薦的定量方法如下:
? 常規文庫：使用 Qubit 進行定量；
? 應用于多樣本混雜的靶向捕獲測序文庫：為提高數據均一性，可使用qPCR絕對定量的方法進行濃度測定，如：VAHTSTM Library Quantification Kit for MGI，Vazyme，貨號：NQM101-NQ106。
文庫長度分布可通過凝膠電泳、Bioanalyzer或者 Bioptic（Qsep）等生物分析系統進行檢測，但應注意不同分析儀器的文庫片段讀數可能會存在一定的偏差。常見的異常文庫片段分布原因如下：
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異常峰型 |
產生原因 |
解決辦法 |
|---|---|---|
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有多個短片段（~50 bp）小峰 |
接頭冗余 |
合適的Input DNA量和接頭使用量；注意加樣及連接條件 |
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有雙峰（額外單個短片段峰） |
過度擴增 |
降低Input DNA量，降低擴增循環數 |
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額外有長片段峰 |
磁珠殘留 |
純化步驟時小心操作，以去除全部磁珠 |
除適配納昂達科技自有靶向捕獲體系外，文庫也適配市面上多種靶向捕獲體系，如 Twsit（Twist Custom Panel）、IDT（IDT xGen? Lockdown? Probes）、Agilent （Agilent SureSelect）、Roche（ Roche? NimbleGen? SeqCap? EZ）、艾吉泰康（TargetSeq?液相探針捕獲技術）等。
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類別 |
產品 |
詳情 |
貨號 |
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建庫模塊 |
24 rxn |
1002211 |
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NadPrep?? DNA Library Preparation Module (for MGI), 96 rxn |
96 rxn |
1002212 |
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單端接頭模塊 |
NadPrep?? BMI Adapter (SI) Module Set A1 (for MGI), 24 rxn |
SI 1-12 |
1003811 |
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NadPrep?? BMI Adapter (SI) Module Set D1 (for MGI), 480 rxn |
SI 1-96 |
1003820 |
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NadPrep?? BMI Adapter (SI) Module Set B1 (for MGI), 96 rxn |
SI 1-24 |
1003821 |
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NadPrep?? BMI Adapter (SI) Module Set B2 (for MGI), 96 rxn |
SI 25-48 |
1003822 |
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雙端唯一接頭模塊 |
NadPrep?? BMI Adapter (MDI) Module Set A1 (for MGI), 24 rxn |
MDI 1-12 |
1003911 |
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NadPrep?? BMI Adapter (MDI) Module Set B1 (for MGI), 96 rxn |
MDI 1-24 |
1003921 |
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NadPrep?? BMI Adapter (MDI) Module Set B2 (for MGI), 96 rxn |
MDI 25-48 |
1003922 |
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NadPrep?? BMI Adapter (MDI) Module Set B3 (for MGI), 96 rxn |
MDI 49-72 |
1003925 |
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NadPrep?? BMI Adapter (MDI) Module Set B4 (for MGI), 96 rxn |
MDI 73-96 |
1003926 |
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