NanoHema Research Panel
#1001705 (96 rxn)
NanoHema Research Panel v1.0 是一款用于血液腫瘤研究分析的基礎型 panel。靶向精選的血液腫瘤相關基因，包含《二代測序技術在血液腫瘤中的應用中國專家共識（2018 年版）》中 106 個基因的全部編碼區域。該 panel 覆蓋基因組約 1.03 Mb 區域，涉及 266 個基因，支持包括堿基替換，插入 / 缺失，基因重排，基因擴增在內的多種變異信息的富集。
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基因列表
| ABL1 | ANKRD26 | APC | ARAF | ARC | ARID1A | ARID1B | ARID2 | ARID5B | ASXL1 |
| ASXL2 | ASXL3 | ATG2B | ATG5 | ATM | ATRX | B2M | BCL2 | BCL6 | BCOR |
| BCORL1 | BIRC3 | BLM | BLNK | BRAF | BRCA1 | BRCA2 | BRCC3 | BTG1 | BTG2 |
| BTK | CALR | CARD11 | CBFB | CBL | CCND1 | CCND2 | CCND3 | CCR4 | CCR7 |
| CD274 | CD28 | CD58 | CD79A | CD79B | CDKN1A | CDKN2A | CDKN2B | CDKN2C | CEBPA |
| CEBPE | CHD8 | CIITA | CRBN | CREBBP | CRLF2 | CSF1R | CSF3R | CSMD1 | CTCF |
| CTLA4 | CTNNB1 | CUL4B | CXCR4 | CYLD | DDX3X | DDX41 | DHX15 | DIS3 | DNM2 |
| DNMT3A | DPF1 | DPF2 | DPF3 | DUSP22 | DUX4 | EBF1 | ECT2L | EED | EGFR |
| EGR2 | EIF2A | EP300 | EPCAM | EPHA7 | EPOR | ERBB3 | ERG | ETNK1 | ETV6 |
| EZH2 | FAM46C | FAS | FAT1 | FBXW7 | FGFR1 | FGFR3 | FLT3 | FOXO1 | FOXO3 |
| FYN | GATA1 | GATA2 | GATA3 | GLTSCR1 | GNA13 | GNAI2 | GSKIP | HACE1 | HNRNPA2B1 |
| HRAS | ID3 | IDH1 | IDH2 | IFNLR1 | IGLL5 | IKZF1 | IKZF2 | IKZF3 | IL7R |
| INO80 | INPP5D | IRF4 | ITK | ITPKB | JAK1 | JAK2 | JAK3 | KANSL1 | KDM6A |
| KIT | KLF2 | KMT2A | KMT2B | KMT2C | KMT2D | KRAS | LMO2 | LTB | MAFA |
| MAFB | MALT1 | MAP2K1 | MAPK1 | MECOM | MED12 | MEF2B | MEF2D | MET | MFHAS1 |
| MGA | MICRO142 | MLH1 | MPL | MSH2 | MSH6 | MTOR | MYBBP1A | MYC | MYD88 |
| NF1 | NFKB1 | NFKB2 | NFKBIE | NOTCH1 | NOTCH2 | NPM1 | NRAS | NT5C2 | NTRK3 |
| P2RY8 | PAX5 | PBRM1 | PBX1 | PDCD1LG2 | PDGFRA | PDGFRB | PHF6 | PIGA | PIK3CA |
| PIM1 | PLCG1 | PLCG2 | PML | PMS2 | POT1 | PPM1D | PRDM1 | PRKCB | PTEN |
| PTK2B | PTPN1 | PTPN11 | PTPRD | PTPRK | RAD21 | RAF1 | RARA | RB1 | REL |
| RELA | RELB | RELN | RET | RHOA | RNF4 | RPS15 | RRAGC | RUNX1 | SAMD9 |
| SAMD9L | SAMHD1 | SETBP1 | SETD2 | SF1 | SF3B1 | SGK1 | SH2B3 | SH2D1A | SMARCA2 |
| SMARCA4 | SMARCB1 | SMC1A | SMC2 | SMC3 | SOCS1 | SOS1 | SPEN | SRP72 | SRSF2 |
| STAG2 | STAT1 | STAT2 | STAT3 | STAT4 | STAT5A | STAT5B | STAT6 | SUZ12 | SYK |
| TBL1XR1 | TCF3 | TERT | TET1 | TET2 | TNFAIP3 | TNFRSF14 | TNFRSF1B | TP53 | TP63 |
| TP73 | TRAF3 | TYK2 | U2AF1 | UNC13D | VAV1 | VHL | VPREB1 | WT1 | XPO1 |
| ZAP70 | ZBTB7A | ZEB2 | ZMYM3 | ZNF292 | ZRSR2 |
產品表現
本產品僅限研究使用，不用于臨床診斷。
|
貨號 |
管蓋
顏色 |
產品名稱 |
包裝
體積 |
包裝/儲存溫度 |
|
1001704 |
|
NanoHema Reseach Panel v1.0, 16 rxn |
70 μL |
–20℃ |
|
1001705 |
|
NanoHema Reseach Panel v1.0, 96 rxn |
415 μL |
–20℃ |
推薦如下：
? 對于 Size 分布均一、所需測序數據量相同的文庫，一般在文庫混雜投入比＞50 % 的前提下，推薦 500 ng/文庫的投入量，以期提高文庫豐富度，降低測序數據的重復率；
? 對于 Size 分布不均一、樣本質量差異較大、所需測序數據量不同的文庫，一般在文庫混雜比＞50 % 的前提下，推薦按照摩爾量進行相應比例的混合。
注：1. 混雜投入比=樣本進入雜交反應的文庫量/樣本實際文庫構建產出總量*100 %；
2. moles of dsDNA (mol) = mass of dsDNA (g) / ((length of dsDNA (bp) x 617.96 g/mol) + 36.04 g/mol)
目前混合文庫的濃縮推薦采用真空濃縮法或磁珠濃縮法，具體操作可參考DNA文庫雜交捕獲操作指南。相關測試結果表明不同濃縮法的結果基本一致，僅存在輕微GC差異偏好。但真空法更經濟、操作簡單，而磁珠法則可適配自動化工作站，可根據具體情況進行選擇：
|
濃縮方式 |
優點 |
缺點 |
|
真空濃縮 |
操作簡便、時間可控、損失低 |
需要真空濃縮儀 |
|
磁珠濃縮 |
無需另購儀器、可適配自動化工作站 |
存在DNA損失且需求試劑量增加、存在GC偏好性 |
捕獲終文庫得量與許多因素存在相關性，除去實驗操作影響外，一般會有以下理論影響因素：樣本類型、起始混雜文庫總量、Panel 大小、雜交時長、擴增循環數等。為獲得良好的實驗數據，在滿足上機測序所需用量的前提下，應盡量控制捕獲后擴增循環數。Illumina?平臺在上機測序前會對文庫進行指數式擴增的成簇反應，故所需的上機文庫總量較低（具體需要根據各測序儀型號以及測序公司要求決定）。對于不同 Panel，可在實驗初期參考以下推薦列表，后期再根據具體結果進行調整：
|
Panel大小 |
1-plex （500 ng） |
4-plex （2,000 ng） |
8-plex （4,000 ng） |
12-plex （6,000 ng） |
|---|---|---|---|---|
|
＞10 Mb |
10 cycles |
8 cycles |
7 cycles |
6 cycles |
|
1 Mb-10 Mb |
12 cycles |
10 cycles |
9 cycles |
8 cycles |
|
50 Kb- 1Mb |
13 cycles |
11 cycles |
10 cycles |
10 cycles |
|
1 Kb-50 Kb |
14 cycles |
12 cycles |
11 cycles |
11 cycles |
針對納昂達商品化 Panel，可參考下表進行選擇：
|
Panel名稱 |
大小 |
混雜 |
Post-Capture 擴增循環數 |
捕獲文庫產出（ng） |
|---|---|---|---|---|
|
Exome Plus Panel 2.0 |
~46 Mb |
1-plex（500 ng） |
8 |
~70 |
|
12-plex（6,000 ng） |
6 |
~200 |
||
|
NanOnco Plus Panel v2.0 |
~2.6 Mb |
1-plex（500 ng） |
10 |
~120 |
|
12-plex（6,000 ng） |
7 |
~80 |
||
|
NanoHema Research Panel v1.0 |
~1 Mb |
1-plex（500 ng） |
11 |
~70 |
|
12-plex（6,000 ng） |
7 |
~80 |
||
|
NanOnCT Panel v1.0 |
~0.4 Mb |
1-plex（500 ng） |
12 |
~80 |
|
12-plex（6,000 ng） |
8 |
~80 |
||
|
LungCancer Panel v1.0 |
~0.23 Mb |
1-plex（500 ng） |
14 |
~100 |
|
12-plex（6,000 ng） |
11 |
~70 |
捕獲終文庫得量與許多因素存在相關性，除去實驗操作影響外，一般會有以下理論影響因素：樣本類型、起始混雜文庫總量、Panel大小、雜交時長、擴增循環數等。為獲得良好的實驗數據，在滿足上機測序所需用量的前提下，應盡量控制捕獲后擴增循環數。MGI測序平臺需要在上機前對文庫進行環化，接著再進行滾環式擴增成DNA納米球（DNA Nanoball）的過程。故所需的上機文庫總量高于Illumina? 平臺（具體需要根據各測序儀型號以及測序公司要求決定）。根據NadPrep?通用環化試劑盒（for MGI）(貨號：1002231）使用說明書V1.0版本描述，環化所需文庫推薦投入量至少＞1 pmol，因此我們推薦：
? 對于大型Panel的多樣本混雜文庫，由于可能所測數據量較多，建議至少需要滿足＞1 pmol的總量（＞300 ng）；
? 對于大型Panel的少量樣本混雜文庫，由于后續會與其他文庫混合上機測序，所需文庫總量可適當降低。但建議混合送測文庫總量＞1 pmol（＞300 ng）；
對于小型Panel的混雜文庫，由于后續會與其他文庫混合上機測序，所需文庫總量可適當降低。但建議混合送測文庫總量＞1 pmol（＞300 ng）。
基于上述總量，針對特定類型的Panel，可根據測試結果調整捕獲后擴增循環數。針對納昂達商品化Panel，可參考下表：
|
Panel名稱 |
大小 |
混雜 |
Post-Capture擴增循環數 |
捕獲文庫產出（ng） |
|
Exome Plus Panel 2.0 |
~46 Mb |
1-plex（500 ng） |
8 |
~70 |
|
|
|
12-plex（6,000 ng） |
6 |
~200 |
|
NanOnco Plus Panel v2.0 |
~2.6 Mb |
1-plex（500 ng） |
10 |
~120 |
|
|
|
12-plex（6,000 ng） |
7 |
~80 |
|
NanoHema Research Panel v1.0 |
~1 Mb |
1-plex（500 ng） |
11 |
~70 |
|
|
|
12-plex（6,000 ng） |
7 |
~80 |
|
NanOnCT Panel v1.0 |
~0.4 Mb |
1-plex（500 ng） |
12 |
~80 |
|
|
|
12-plex（6,000 ng） |
8 |
~80 |
|
LungCancer Panel v1.0 |
~0.23 Mb |
1-plex（500 ng） |
14 |
~100 |
|
|
|
12-plex（6,000 ng） |
11 |
~70 |
說明：以上為納昂達針對gDNA或標準品在16 h雜交時長下的經驗循環數及產出。不同實驗室因樣本類型、實驗條件、實驗環境不同可能有所差異。
針對NadPrep?系列產品，在文庫構建及靶向捕獲時的擴增引物如下：
|
接頭類型 |
Pre-Capture 擴增引物 |
Post-Capture 擴增引物 |
說明 |
|---|---|---|---|
|
NadPrep?UDI Adapter |
NadPrep?Amplification Primer Mix |
NadPrep?Amplification Primer Mix |
Illumina?平臺 |
|
NadPrep?M-Adapter / BMI Adapter (SI) |
NadPrep?M-Index Primer Mix (SI) |
M-Amplification Primer Mix (SI) |
MGI平臺 |
|
NadPrep?M-Adapter / BMI Adapter (DI) |
NadPrep?M-Index Primer Mix (MDI) |
M-Amplification Primer Mix (DI) |
MGI平臺 |
NadPrep?系列建庫試劑盒（96 rxn）已包含 Pre/Post-Capture 的相關引物。其中 Post-PCR 引物均為 Illumina 或 MGI 平臺通用引物，也可使用其它同類型產品替代。
為了解除帶有生物素標記的文庫與鏈霉親和素磁珠的結合，可嘗試使用以下二者操作之一（或參考 M270 磁珠官方建議）：
? 溶于 10 mM EDTA、95% 甲酰胺、pH 8.2 的溶液中，混勻并于 65℃下加熱 5 min或 90℃下加熱 2 min；
? 溶于 0.1 % SDS，混勻并加熱煮沸 5 min。
盡管雜交捕獲體系已經過優化，適用于更短時間的雜交。但與 16 h 雜交相比，不同類型的 Panel 隨著雜交時長的縮短，在捕獲文庫總量、捕獲效率、覆蓋均一性等方面皆存在不同程度的降低，詳見下圖。相比中大型 Panel（＞0.4 Mb），小型 Panel（＜0.4 Mb）受到的影響更大。對于有時效性要求的，可對大型 Panel 嘗試縮短雜交時間，但不建議將此種情況用于小型 Panel。
|
產品 |
貨號 |
|
NanoHema Research Panel v1.0, 16 rxn |
1001704 |
|
NanoHema Research Panel v1.0, 96 rxn |
1001705 |
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血液腫瘤 panel | NanoHema Research Panel
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NanoHema Research Panel v1.0 隨貨說明
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NanoHema Research Panel V1.0 Covered bed
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DNA 文庫雜交捕獲（Illumina??平臺）操作指南
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DNA 文庫雜交捕獲（MGI 平臺）操作指南
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NadPrep? Hybrid Capture Reagents (for MGISP100) 應用說明書
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