NadPrep?? 甲基化文庫構建試劑盒
#1002502
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產品特色
- 適用于 gDNA、cfDNA 和 FFPE DNA 多類型樣本
- 可根據測序平臺選擇不同類型接頭模塊進行搭配
- 重亞硫酸鹽和酶學轉化可供自由選擇
- 卓越的 5mC 和 5hmC 檢測靈敏度
- 高效轉化效率
建庫流程
產品表現
文庫產出及轉化效率
圖 1. 不同類型樣本及不同轉化方式的建庫表現。A. 不同類型樣本的文庫產出，B. 不同甲基化水平的模擬樣本的文庫產出及 C. λ DNA C 堿基轉化效率。利用 NadPrep? 甲基化文庫構建試劑盒搭配 NadPrep? Methyl Adapter (SI/MDI) Module (for MGI) 分別采用酶學 (EM) 和重亞硫酸鹽 (BS) 方法轉化后構建文庫，MGISEQ-2000，PE 100 測序。A：酶學轉化，B：重亞硫酸鹽轉化。
注：甲基化陽性對照 100% Methylated DNA (zymo, D5014-2) 和陰性對照 0% Methylated DNA (zymo,D5014-1)，經不同比例混合以模擬不同甲基化水平 (0%，10%，50% 和 100%)，投入量均為 50 ng。
圖 2. 不同轉化方式的文庫產出及轉化效率。A. 兩種不同類型接頭經不同轉化方式下的文庫產出；B. 兩種不同類型截短型接頭經 EM 轉化后的文庫產出；C. 不同轉化方式下的轉化效率。
不同甲基化水平的模擬樣本利用 NadPrep? Methyl Library Preparation Module 分別搭配 NadPrep? Methyl Stubby Adapter (UDI) Module (for Illumina?) (Stubby) 和 NadPrep? Methyl UDI Adapter Module (for Illumina?) (Full) 經酶學 (EM) 和重亞硫酸鹽 (BS) 不同方法轉化后構建文庫。
注：甲基化陽性對照 100% Methylated DNA (zymo, D5014-2) 和陰性對照 0% Methylated DNA (zymo,D5014-1)，經不同比例混合以模擬不同甲基化水平 (0%，10%，50% 和 100%)，投入量均為 50 ng。B & C 搭配接頭均為 Stubby。
捕獲表現
圖 3. 不同轉化方式的捕獲表現。A. 捕獲數據比對率和中靶率， B. 靶區域覆蓋度，C. 覆蓋均一性和一致性及 D. GC 偏好性。利用 NadPrep? 甲基化文庫構建試劑盒搭配 NadPrep? Methyl Adapter (MDI) Module (for MGI) 分別采用酶學和重亞硫酸鹽方法轉化后構建文庫，以甲基化 demo Panel (60 K) 進行雜交捕獲， MGISEQ-2000，PE 100 測序，按照 reads 數計算。
圖 4. 不同轉化方式的捕獲表現。A. 捕獲數據比對率和中靶率， B. 靶區域覆蓋度，C. 覆蓋均一性和一致性及 D. GC 偏好性。利用NadPrep? Methyl Library Preparation Module 搭配 NadPrep? Methyl Stubby Adapter (UDI) Module (for Illumina?) 分別采用酶學和重亞硫酸鹽方法轉化后構建文庫，以甲基化 demo Panel (60 K) 進行雜交捕獲，Novaseq 6000，PE 150 測序，On-target 按照 reads 數計算。
甲基化水平準確率
圖 5. NadPrep? 不同甲基化水平樣本經不同方式轉化的甲基化靶向測序表現。A. 不同甲基化水平樣本的實際檢測結果及 B. 經酶學和重亞硫酸鹽轉化的靶區域 CpG 甲基化水平。利用 NadPrep? 甲基化文庫構建試劑盒搭配 NadPrep? Methyl Adapter (MDI) Module (for MGI) 分別采用酶學和重亞硫酸鹽方法轉化后構建文庫，以甲基化 demo Panel (60 K) 進行雜交捕獲，MGISEQ-2000，PE 100 測序。
圖 6. 不同甲基化水平樣本經不同方式轉化的甲基化靶向測序表現。A. 經酶學轉化的靶區域 CpG 甲基化水平及 B. 經重亞硫酸鹽轉化的靶區域 CpG 甲基化水平。利用 NadPrep? Methyl Library Preparation Module 搭配 NadPrep? Methyl Stubby Adapter (UDI) Module (for Illumina?) 分別采用酶學和重亞硫酸鹽方法轉化后構建文庫，以甲基化 demo Panel (60 K) 進行雜交捕獲，Novaseq 6000，PE 150 測序。
甲基化建庫模塊
| 包裝編號 | 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1002501 (24 rxn) |
包裝體積 1002502 (96 rxn) |
| Box1 |
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EndRepair & A-Tailing Buffer | 180 μL | 690 μL |
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End Repair & A-Tailing Enzyme | 120 μL | 460 μL | |
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Ligation Buffer | 750 μL | 2×1500 μL | |
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DNA Ligase | 60 μL | 230 μL | |
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2X HiFi-Methyl PCR Master Mix | 720 μL | 2×1600 μL | |
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/ |
Nuclease Free Water | 2.5 mL | 8 mL | |
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TE Solution | 1 mL | 4 mL | |
| Box2 |
/ |
NadPrep SP Beads | 4 mL | 15 mL |
甲基化單端接頭模塊 (for MGI)
| 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1003631 (24 rxn) |
包裝體積 1003632 (96 rxn) |
包裝體積 1003633 (96 rxn) |
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NadPrep M-Index (SI) Primer Mix # | 12×15 μL | 24×25 μL | 24×25 μL |
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NadPrep Methyl M-Adapter | 60 μL | 230 μL | 230 μL |
甲基化雙端唯一接頭模塊 (for MGI)
| 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1003740 (24 rxn) |
包裝體積 1003741 (96 rxn) |
包裝體積 1003742 (96 rxn) |
包裝體積 1003743（96 rxn） |
包裝體積 1003744（96 rxn） |
|
|
NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix # | 12×15 μL | 24×25 μL | 24×25 μL |
24×25 μL |
24×25 μL |
|
|
NadPrep Methyl M-Adapter | 60 μL | 230 μL | 230 μL |
230 μL |
230 μL |
甲基化截短型雙端唯一標簽接頭模塊 (for Illumina)
| 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1003331 (24 rxn) |
包裝體積 1003341 (96 rxn) |
包裝體積 1003342 (96 rxn) |
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NadPrep UDI-Index Primer Mix # | 12×15 μL | 24×25 μL | 24×25 μL | |
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NadPrep Methyl Stubby Adapter | 60 μL | 230 μL | 230 μL | |
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NadPrep Amplification Primer Mix II |
20 μL |
75 μL |
75 μL |
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可能原因 |
解決方案 |
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轉化后文庫被未轉化文庫污染 |
使用帶濾芯 Tips；轉化結束后及時更換新的乳膠手套， 更換新的工作臺面以及新的移液器。 |
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重亞硫酸鹽轉化模塊有效期較 短，過期后嚴重影響試劑盒性 能。重亞硫酸鹽容易發生氧化， 結晶析出，導致重亞硫酸鹽溶 液濃度降低，影響轉化效率 |
在有效期以內使用轉化試劑盒；減少重亞硫酸鹽溶液暴 露在空氣中的時間。 |
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投入量過高 |
使用酶轉化方案時，嚴格控制樣本投入量，推薦投入量 在 10-200 ng 之間。 |
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可能原因 |
解決方案 |
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原始樣本定量存在誤差 |
推薦使用 Qubit 的方法對打斷后的 DNA 樣本進行定量。 |
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低投入量樣本使用重亞硫酸鹽轉化方案時，單鏈 DNA 回收效率較低。PCR 擴增循環數差3 個左右 |
增加擴增循環數，低投入量樣本選擇酶轉化方案。 |
| 類別 | 產品 | 詳情 | 貨號 |
| 甲基化建庫模塊 | NadPrep? Methyl Library Preparation Module, 24 rxn | 24 rxn | 1002501 |
| NadPrep? Methyl Library Preparation Module, 96 rxn | 96 rxn | 1002502 | |
| 甲基化單端接頭模塊 (for MGI) | NadPrep? Methyl Adapter (SI) Module Set A1 (for MGI), 24 rxn | SI 1-12 | 1003631 |
| NadPrep? Methyl Adapter (SI) Module Set B1 (for MGI), 96 rxn | SI 1-24 | 1003632 | |
| NadPrep? Methyl Adapter (SI) Module Set B2 (for MGI), 96 rxn | SI 25-48 | 1003633 | |
| 甲基化雙端唯一接頭模塊 (for MGI) | NadPrep? Methyl Adapter (MDI) Module Set A1 (for MGI), 24 rxn | MDI 1-12 | 1003740 |
| NadPrep? Methyl Adapter (MDI) Module Set B1 (for MGI), 96 rxn | MDI 1-24 | 1003741 | |
| NadPrep? Methyl Adapter (MDI) Module Set B2 (for MGI), 96 rxn | MDI 25-48 | 1003742 | |
| NadPrep? Methyl Adapter (MDI) Module Set B3 (for MGI), 96 rxn | MDI 49-72 | 1003743 | |
| NadPrep? Methyl Adapter (MDI) Module Set B4 (for MGI), 96 rxn | MDI 73-96 | 1003744 | |
| 甲基化截短型接頭模塊（for Illumina） | NadPrep? Methyl Stubby Adapter (UDI) Module Set A1 (for Illumina?), 24 rxn | 1-12 | 1003331 |
| NadPrep? Methyl Stubby Adapter (UDI) Module Set B1 (for Illumina?), 96 rxn | 1-24 | 1003341 | |
| NadPrep? Methyl Stubby Adapter (UDI) Module Set B2 (for Illumina?), 96 rxn | 25-48 | 1003342 |
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文庫構建模塊和接頭模塊參考指南 (for MGI)
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文庫構建模塊和接頭模塊參考指南 (for Illumina?)
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NadPrep?? 甲基化文庫構建試劑盒 (for MGI) 使用說明書 v1.0
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NadPrep?? 甲基化文庫構建試劑盒 (for Illumina??) 使用說明書 v2.0
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