NadPrep?? Total RNA-To-DNA Module
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產品特色
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兼容性強，有效反轉多種類型樣本，包括細胞/新鮮組織/FFPE 總 RNA 樣本
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反轉效率高且穩定，確保雙鏈 DNA 文庫產量
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可銜接 NadPrep? DNA 通用型文庫構建試劑盒，無需額外的片段化處理
建庫應用
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應用方向 |
樣本類型 |
推薦起始量 |
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RNA 靶向捕獲測序 |
細胞 |
10-200 ng |
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組織 |
10-200 ng |
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FFPE |
20-200 ng |
建庫流程
產品表現
不同起始量 RNA 轉化后的 DNA 產量
圖1. 不同投入量的細胞 RNA（10 ng，50 ng，100 ng 和 200 ng） 樣本經 NadPrep? Total RNA-To-DNA Module 轉化后的雙鏈 DNA 產量。
高效富集靶向區域
圖 2. Total RNA-Seq、rRNA-depleted RNA-Seq 和 RNAcap-Seq 的結果分析。NadPrep? Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for MGI）建庫，捕獲 Panel 為 NanOnco Plus Panel v2.0 ，分別進行：直接測序（Total RNA-Seq），去除 rRNA 測序（rRNA-depleted RNA-Seq）和捕獲后測序（RNAcap-Seq）。A. 比較不同方法下 K562 細胞系和 FFPE 組織來源 rRNA 的占比，RNAcap 的 rRNA 占比最低。B. Total RNA-Seq、rRNA-depleted RNA-Seq 和 RNAcap-Seq，測序 reads 的占比顯示 RNAcap 可有效富集外顯子區域。C. 使用 RPKM 值比較不同 RNA-Seq 方法對 FFPE RNA 樣本的基因表達差異，RNAcap-Seq 可明顯富集靶區域，富集程度為 20-50 倍。
雜交捕獲，單次見效
圖 3. 不同 Panel 單次捕獲與兩次捕獲時不同測序平臺的結果分析。NadPrep? Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep? DNA 通用型文庫構建試劑盒 (for MGI) 和 NadPrep? DNA 通用型文庫構建試劑盒 (for Illumina?) 建庫，并進行雜交捕獲。A-B. MGI 平臺捕獲測序結果；C-D. Illumina? 平臺捕獲測序結果。不同大小 Panel 雜交捕獲顯示，單次捕獲即可達到較高的富集程度。MGI 平臺采用 MGISEQ-2000, PE100 測序，Illumina? 平臺采用 Novaseq 6000, PE150 測序。
兼容多類型樣本
圖 4. FFPE RNA 樣本質量對 RNACap 的影響。NadPrep? Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for MGI）建庫，RNAcap 使用 NanOnco Plus Panel v2.0。A. DV 200 值與 rRNA 占比；B. DV 200 值與中靶率。高質量的 FFPE 樣本（DV 200 > 60%）rRNA 占比 < 10%，RNACap 中靶率 > 80%；嚴重降解的 FFPE 樣本（DV 200 < 30%）rRNA 占比顯著升高且捕獲效果明顯降低。DV 200：長度超過 200 nt 的 RNA 片段所占的百分比。
gDNA 評估示例
圖 5. RNA 樣本中 DNA 污染程度評估示例。NadPrep? Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for MGI）建庫，RNAcap 使用 NanOnco Plus Panel v2.0。建議使用特定靶區域（如已知的非轉錄區）計算的 DNA 污染結果，并針對 RNAcap 設置污染閾值，如 10 read counts/Gb data。
融合檢測示例
圖 6. FFPE RNA 標準品融合基因檢測示例。NadPrep? Total
RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for MGI）建庫，RNAcap 使用 NanOnco
Plus Panel v2.0。樣本為經梯度稀釋的菁良腫瘤融合
FFPE RNA 標準品（GW-OPSM001），縱坐標為標準化的 Spanning
Reads 值。
兼容雙測序平臺
本產品僅限研究使用，不用于臨床診斷。
RNA-To-DNA 模塊
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包裝編號
管蓋顏色
組分名稱
包裝體積
1002401 (24 rxn)
包裝體積
1002402 (96 rxn)
Box1
1st Strand Synth.
Buffer
120 μL
460 μL
Random Primer
30 μL
115 μL
1st Strand Synth.
Enzyme
60 μL
230 μL
2nd Strand Synth.
Buffer
810 μL
2×1550 μL
2nd Strand Synth.
Enzyme
90 μL
345 μL
Nuclease Free Water
2.5 mL
8 mL
Box2
NadPrep SP Beads
2.5 mL
10 mL
推薦靶向捕獲 Panel 中包含 Non-exonic 區域或 Non-exonic control panel 用于確認或評估 DNA 污染。
納昂達推薦使用標準品 ERCC（External RNA Control Consortium） RNA Spike In Mix（貨號，4456740），此序列包含 92 條長約 250-2000 nt 的寡聚核苷酸?？蓞⒖颊f明書推薦，摻入待測 RNA 樣本中，再按常規流程進行文庫構建，后續搭配納昂達 Ext-RNA Control Panel v1.0, 96 rxn（貨號，1001651），進行靶向測序的 ERCC 標準曲線分析。
納昂達內部測試了直接測序（Total RNA-seq）、去除 rRNA 后測序（rRNA-depleted RNA-seq）和捕獲后測序（RNA-Cap）。結果顯示，Total RNA-seq 與 rRNA-depleted RNA-seq 的基因表達基本一致，且無明顯富集，RNA-Cap 則可明顯富集靶區域。
納昂達推薦提取后的總 RNA 使用總 RNA 逆轉錄模塊搭配 DNA 通用建庫模塊及靶向捕獲模塊，進行 RNA-Cap 的靶向捕獲，可獲得更高的測序量及目的靶區域信息。
如后續直接測序，建議去除?？俁NA逆轉錄模塊可兼容市場上其他rRNA商用試劑盒定向去除，如NEBNext? rRNA Depletion Kit v2（NEB），AnyDeplete Module（NuGen）等。如后續用于靶向捕獲則無需去除。
總 RNA 逆轉錄模塊兼容多種類型樣本，包括細胞、組織、FFPE 樣本等。對于復雜樣本的處理（如 FFPE 組織樣本），推薦從源質控。樣本應選取合適的提取試劑盒，并進行相應的定量及片段質檢，建議如下：
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類別 |
要求 |
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提取試劑盒推薦 |
細胞系 RNA |
AllPrep DNA/RNA Mini Kit（Qiagen；貨號，80204） |
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FFPE RNA |
AllPrep DNA/RNA FFPE Kit（Qiagen；貨號，80234） |
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定量 |
基于分光光度計原理的NanoDrop和基于熒光染料的 Qubit? RNA HS Assay 定量 |
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純度 |
OD260/OD280=1.7-2.0。OD260/OD280>2.0 表明有異硫氰酸污染，<1.7 表明有蛋白質等污染 |
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完整性 |
定量法 |
RNA IQ（By Qubit? RNA IQ Assay Kit）＞4 RIN（By Agilent 2100）＞3 DV200（By Agilent 2100；＞200 nt RNA所占比例）＞50% |
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條帶檢測法 |
2%的瓊脂糖凝膠電泳或生物分析儀，如 Agilent 2100、Bioptic（Qsep）進行樣本完整性評估。 |
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TE Solution的成分為10 mM Tris，0.1 mM EDTA（pH 8.0）。
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產品 |
詳情 |
貨號 |
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NadPrep?? Total RNA-To-DNA Module, 24 rxn |
24 rxn |
1002401 |
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NadPrep?? Total RNA-To-DNA Module, 96 rxn |
96 rxn |
1002402 |
應用指南
DEMO數據
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