甲基化捕獲測序整體解決方案
應用背景
DNA 胞嘧啶堿基的甲基化與基因表達的調控及染色質重塑密切相關，其在癌癥的發生發展中也扮演了重要的作用。對基因組C堿基甲基化狀態的精細分析有著重要的研究價值以及臨床意義。通過亞硫酸氫鹽或酶將未甲基化的 C 堿基轉化為 U 堿基，而甲基化的 C 堿基不被轉化，再結合高通量測序技術，可以大規模地以單堿基分辨率分析基因組甲基化狀態。而靶向富集技術的引入，減小了測序成本，提升了目標區域測序深度，使得甲基化定向分析的效率大為提高。 納昂達科技針對 MGISEQ / DNBSEQ 及 Illumina 測序平臺提供甲基化靶向富集 NGS 整體解決方案，包括：基于亞硫酸氫鹽或酶轉化的甲基化測序文庫構建試劑盒、針對轉化后文庫的液相雜交捕獲探針設計及合成服務、液相雜交捕獲體系及甲基化靶向富集 NGS 自動化分析平臺。方案推薦
* 同時針對甲基化和非甲基化序列進行探針設計，更多詳情請聯系探針設計技術支持。
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文庫構建 |
封阻序列 |
靶向捕獲 |
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定制 panels
NadPrep?? 雜交捕獲試劑 |
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NadPrep?? Methyl Library Preparation Module (for Illumina??)
搭配 NadPrep?? Methyl UDI Adapter Kit (for Illumina??)
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定制 panels
NadPrep?? 雜交捕獲試劑 |
相關產品僅限研究使用，不用于臨床診斷。
文庫產出及轉化效率
圖 1. 不同類型樣本及不同轉化方式的建庫表現。A. 不同類型樣本的文庫產出，B. 不同甲基化水平的模擬樣本的文庫產出及 C. λ DNA C 堿基轉化效率。利用 NadPrep? 甲基化文庫構建試劑盒搭配 NadPrep? Methyl Adapter (SI/MDI) Module (for MGI) 分別采用酶學 (EM) 和重亞硫酸鹽 (BS) 方法轉化后構建文庫，MGISEQ-2000，PE 100 測序。A：酶學轉化，B：重亞硫酸鹽轉化。
注：甲基化陽性對照 100% Methylated DNA (zymo, D5014-2) 和陰性對照 0% Methylated DNA (zymo,D5014-1)，經不同比例混合以模擬不同甲基化水平 (0%，10%，50% 和 100%)，投入量均為 50 ng。
捕獲表現
圖 2. 不同轉化方式的捕獲表現。A. 捕獲數據比對率和中靶率， B. 靶區域覆蓋度，C. 覆蓋均一性和一致性及 D. GC 偏好性。利用 NadPrep? 甲基化文庫構建試劑盒搭配 NadPrep? Methyl Adapter (MDI) Module (for MGI) 分別采用酶學和重亞硫酸鹽方法轉化后構建文庫，以甲基化 demo Panel (60 K) 進行雜交捕獲， MGISEQ-2000，PE 100 測序，按照 reads 數計算。
甲基化水平準確率
圖 3. NadPrep? 不同甲基化水平樣本經不同方式轉化的甲基化靶向測序表現。A. 不同甲基化水平樣本的實際檢測結果及 B. 經酶學和重亞硫酸鹽轉化的靶區域 CpG 甲基化水平。利用 NadPrep? 甲基化文庫構建試劑盒搭配 NadPrep? Methyl Adapter (MDI) Module (for MGI) 分別采用酶學和重亞硫酸鹽方法轉化后構建文庫，以甲基化 demo Panel (60 K) 進行雜交捕獲，MGISEQ-2000，PE 100 測序。
文庫產出及轉化效率
圖 4. 不同轉化方式的建庫表現。A.兩種不同類型接頭經不同轉化方式下的文庫產出；B. 兩種不同類型截短型接頭經 EM 轉化后的文庫產出；C.不同轉化方式下的轉化效率。不同甲基化水平的模擬樣本利用 NadPrep? Methyl Library Preparation Module 分別搭配 NadPrep? Methyl Stubby Adapter (UDI) Module (for Illumina?) (Stubby) 和 NadPrep? Methyl UDI Adapter Module (for Illumina?) (Full) 經酶學 (EM) 和重亞硫酸鹽 (BS) 不同方法轉化后構建文庫。
注：樣本為人甲基化陽性對照 100% Methylated DNA (zymo, D5014-2) 和陰性對照 0% Methylated DNA (zymo,D5014-1)，經不同比例混合以模擬不同甲基化水平 (0%，10%，50% 和 100%)，投入量均為 50 ng。B & C 搭配接頭均為 Stubby。
捕獲表現
圖 5. 不同轉化方式的捕獲表現。A. 捕獲數據比對率和中靶率， B. 靶區域覆蓋度，C. 覆蓋均一性和一致性及 D. GC 偏好性。利用 NadPrep? Methyl Library Preparation Module 搭配 NadPrep? Methyl Stubby Adapter (UDI) Module (for Illumina?) 分別采用酶學和重亞硫酸鹽方法轉化后構建文庫，以甲基化 demo Panel (60 K) 進行雜交捕獲，Novaseq 6000，PE 150 測序，On-target 按照 reads 數計算。
注：樣本為人甲基化陽性對照 100% Methylated DNA (zymo, D5014-2) 和陰性對照 0% Methylated DNA (zymo, D5014-1)，經不同比例混合以模擬不同甲基化水平 (0%，10%，50% 和 100%)，投入量均為 50 ng。
甲基化水平準確率
圖 6. 不同甲基化水平樣本經不同方式轉化的甲基化靶向測序表現。A. 經酶學轉化的靶區域 CpG 甲基化水平；B. 經重亞硫酸鹽轉化的靶區域 CpG 甲基化水平。利用 NadPrep? Methyl Library Preparation Module 搭配 NadPrep? Methyl Stubby Adapter (UDI) Module (for Illumina?) 分別采用酶學和重亞硫酸鹽方法轉化后構建文庫，以甲基化 demo Panel (60 K) 進行雜交捕獲，Novaseq 6000，PE 150 測序。
注：樣本為人甲基化陽性對照 100% Methylated DNA (zymo, D5014-2) 和陰性對照 0% Methylated DNA (zymo, D5014-1)，經不同比例混合以模擬不同甲基化水平 (0%，10%，50% 和 100%)，投入量均為 50 ng。
