RNA 捕獲測序整體解決方案
應用背景
高通量測序可短時間、低成本的全面分析基因組情況，已在臨床研究上得到越來越多的應用。相比于基因組學的 DNA 測序，轉錄組測序（RNA-seq）可將基因表達與生物學事件、細胞狀態關聯；這是由于基因表達受到遺傳信息和表觀遺傳等因素共同作用，比如甲基化和組蛋白修飾。然而，由于轉錄組的長度不均和豐度差異，其檢測的靈敏度往往受限。
RNA 的靶向捕獲可富集特定 RNA 區域，提升測序的覆蓋度和靈敏度，讓稀有或低表達轉錄本的檢測更高效，同時也可靈活定制，一次檢測數個至數百個基因區域。納昂達科技針對 MGISEQ/DNBSEQ? 以及 Illumina? 平臺提供 RNA 靶向富集 NGS 整體解決方案。
方案推薦
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cDNA 合成 |
文庫構建 |
封阻序列 |
靶向捕獲 |
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定制 panels |
相關產品僅限研究使用，不用于臨床診斷。
不同起始量 RNA 轉化后的 DNA 產量
圖1. 不同投入量的細胞 RNA（10 ng，50 ng，100 ng 和 200 ng） 樣本經 NadPrep? Total RNA-To-DNA Module 轉化后的雙鏈 DNA 產量。
高效富集靶向區域
圖 2. Total RNA-Seq、rRNA-depleted RNA-Seq 和 RNAcap-Seq 的結果分析。NadPrep? Total RNA-To-DNA Module搭配 NadPrep? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for MGI）建庫，捕獲 Panel 為 NanOnco Plus Panel v2.0 ，分別進行：直接測序（Total RNA-Seq），去除 rRNA 測序（rRNA-depleted RNA-Seq）和捕獲后測序（RNAcap-Seq）。A. 比較不同方法下 K562 細胞系和 FFPE 組織來源 rRNA 的占比，RNAcap 的 rRNA 占比最低。B. Total RNA-Seq、rRNA-depleted RNA-Seq 和 RNAcap-Seq，測序 reads 的占比顯示 RNAcap 可有效富集外顯子區域。C. 使用 RPKM 值比較不同 RNA-Seq 方法對 FFPE RNA 樣本的基因表達差異，RNAcap-Seq 可明顯富集靶區域，富集程度為 20-50 倍。
雜交捕獲，單次見效
圖 3. 不同 Panel 單次捕獲與兩次捕獲時不同測序平臺的結果分析。NadPrep? Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep? DNA 通用型文庫構建試劑盒 (for MGI) 和 NadPrep? DNA 通用型文庫構建試劑盒 (for Illumina?) 建庫，并進行雜交捕獲。A-B. MGI 平臺捕獲測序結果；C-D. Illumina? 平臺捕獲測序結果。不同大小 Panel 雜交捕獲顯示，單次捕獲即可達到較高的富集程度。MGI 平臺采用 MGISEQ-2000, PE100 測序，Illumina? 平臺采用 Novaseq 6000, PE150 測序。
兼容多類型樣本
圖 4. FFPE RNA 樣本質量對 RNACap 的影響。NadPrep? Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for MGI）建庫，RNAcap 使用 NanOnco Plus Panel v2.0。A. 不同 DV 200 值的 FFPE 樣本中 rRNA 的占比；B. 不同 DV 200 值的 FFPE 樣本的中靶率。高質量的 FFPE 樣本（DV 200 > 60%）rRNA 占比 < 10%，RNACap 中靶率 > 80%；嚴重降解的 FFPE 樣本（DV 200 < 30%）rRNA 占比顯著升高且捕獲效果明顯降低。DV 200：長度超過 200 nt 的 RNA 片段所占的百百分比。
圖 5. RNA 樣本中 DNA 污染程度評估示例。NadPrep? Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for MGI）建庫，RNAcap 使用 NanOnco Plus Panel v2.0。建議使用特定靶區域（如已知的非轉錄區）計算的 DNA 污染結果，并針對 RNAcap 設置污染閾值，如 10 read counts/Gb data。
圖 6. FFPE RNA 標準品融合基因檢測示例。NadPrep? Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for MGI）建庫，RNAcap 使用 NanOnco Plus Panel v2.0。樣本為經梯度稀釋的菁良腫瘤融合 FFPE RNA 標準品（GW-OPSM001），縱坐標為標準化的 Spanning Reads 值。
