LungCancer Panel
#1001921 (96 rxn)
- 產品詳情
- 產品組分
- 常見問題
- 訂購信息
- 資料下載
基因列表
編碼區覆蓋
ALK
BRAF
CD274
CD74
EGFR
ERBB2
EZR
FGFR1
FGFR2
FGFR3
KRAS
MET
NRAS
NTRK1
NTRK2
NTRK3
NUTM1
PDCD1LG2
PDGFRA
PIK3CA
RET
ROS1
SDC4
SLC34A2
注：加粗基因覆蓋全部編碼區域。
產品表現
表1. LungCancer Panel v1.0 捕獲表現
|
測序平臺 |
捕獲效率
（%） |
重復率（%） |
% target
> 0.2 x mean |
% target
> 0.5 x mean |
% target
> 1 x mean |
Fold 80 base penalty |
|
MGI |
92.75 |
6.20 |
99.21 |
96.21 |
52.12 |
1.28 |
|
Illumina? |
93.98 |
12.21 |
99.98 |
97.92 |
52.14 |
1.27 |
本產品僅限研究使用，不用于臨床診斷。
|
貨號 |
管蓋
顏色 |
產品名稱 |
包裝
體積 |
包裝/儲存溫度 |
|
1001922 |
|
LungCancer Panel v1.0, 16 rxn |
70 μL |
–20℃ |
|
1001921 |
|
LungCancer Panel v1.0, 96 rxn |
415 μL |
–20℃ |
推薦如下：
? 對于 Size 分布均一、所需測序數據量相同的文庫，一般在文庫混雜投入比＞50 % 的前提下，推薦 500 ng/文庫的投入量，以期提高文庫豐富度，降低測序數據的重復率；
? 對于 Size 分布不均一、樣本質量差異較大、所需測序數據量不同的文庫，一般在文庫混雜比＞50 % 的前提下，推薦按照摩爾量進行相應比例的混合。
注：1. 混雜投入比=樣本進入雜交反應的文庫量/樣本實際文庫構建產出總量*100 %；
2. moles of dsDNA (mol) = mass of dsDNA (g) / ((length of dsDNA (bp) x 617.96 g/mol) + 36.04 g/mol)
目前混合文庫的濃縮推薦采用真空濃縮法或磁珠濃縮法，具體操作可參考DNA文庫雜交捕獲操作指南。相關測試結果表明不同濃縮法的結果基本一致，僅存在輕微GC差異偏好。但真空法更經濟、操作簡單，而磁珠法則可適配自動化工作站，可根據具體情況進行選擇：
|
濃縮方式 |
優點 |
缺點 |
|
真空濃縮 |
操作簡便、時間可控、損失低 |
需要真空濃縮儀 |
|
磁珠濃縮 |
無需另購儀器、可適配自動化工作站 |
存在DNA損失且需求試劑量增加、存在GC偏好性 |
捕獲終文庫得量與許多因素存在相關性，除去實驗操作影響外，一般會有以下理論影響因素：樣本類型、起始混雜文庫總量、Panel 大小、雜交時長、擴增循環數等。為獲得良好的實驗數據，在滿足上機測序所需用量的前提下，應盡量控制捕獲后擴增循環數。Illumina?平臺在上機測序前會對文庫進行指數式擴增的成簇反應，故所需的上機文庫總量較低（具體需要根據各測序儀型號以及測序公司要求決定）。對于不同 Panel，可在實驗初期參考以下推薦列表，后期再根據具體結果進行調整：
|
Panel大小 |
1-plex （500 ng） |
4-plex （2,000 ng） |
8-plex （4,000 ng） |
12-plex （6,000 ng） |
|---|---|---|---|---|
|
＞10 Mb |
10 cycles |
8 cycles |
7 cycles |
6 cycles |
|
1 Mb-10 Mb |
12 cycles |
10 cycles |
9 cycles |
8 cycles |
|
50 Kb- 1Mb |
13 cycles |
11 cycles |
10 cycles |
10 cycles |
|
1 Kb-50 Kb |
14 cycles |
12 cycles |
11 cycles |
11 cycles |
針對納昂達商品化 Panel，可參考下表進行選擇：
|
Panel名稱 |
大小 |
混雜 |
Post-Capture 擴增循環數 |
捕獲文庫產出（ng） |
|---|---|---|---|---|
|
Exome Plus Panel 2.0 |
~46 Mb |
1-plex（500 ng） |
8 |
~70 |
|
12-plex（6,000 ng） |
6 |
~200 |
||
|
NanOnco Plus Panel v2.0 |
~2.6 Mb |
1-plex（500 ng） |
10 |
~120 |
|
12-plex（6,000 ng） |
7 |
~80 |
||
|
NanoHema Research Panel v1.0 |
~1 Mb |
1-plex（500 ng） |
11 |
~70 |
|
12-plex（6,000 ng） |
7 |
~80 |
||
|
NanOnCT Panel v1.0 |
~0.4 Mb |
1-plex（500 ng） |
12 |
~80 |
|
12-plex（6,000 ng） |
8 |
~80 |
||
|
LungCancer Panel v1.0 |
~0.23 Mb |
1-plex（500 ng） |
14 |
~100 |
|
12-plex（6,000 ng） |
11 |
~70 |
捕獲終文庫得量與許多因素存在相關性，除去實驗操作影響外，一般會有以下理論影響因素：樣本類型、起始混雜文庫總量、Panel大小、雜交時長、擴增循環數等。為獲得良好的實驗數據，在滿足上機測序所需用量的前提下，應盡量控制捕獲后擴增循環數。MGI測序平臺需要在上機前對文庫進行環化，接著再進行滾環式擴增成DNA納米球（DNA Nanoball）的過程。故所需的上機文庫總量高于Illumina? 平臺（具體需要根據各測序儀型號以及測序公司要求決定）。根據NadPrep?通用環化試劑盒（for MGI）(貨號：1002231）使用說明書V1.0版本描述，環化所需文庫推薦投入量至少＞1 pmol，因此我們推薦：
? 對于大型Panel的多樣本混雜文庫，由于可能所測數據量較多，建議至少需要滿足＞1 pmol的總量（＞300 ng）；
? 對于大型Panel的少量樣本混雜文庫，由于后續會與其他文庫混合上機測序，所需文庫總量可適當降低。但建議混合送測文庫總量＞1 pmol（＞300 ng）；
對于小型Panel的混雜文庫，由于后續會與其他文庫混合上機測序，所需文庫總量可適當降低。但建議混合送測文庫總量＞1 pmol（＞300 ng）。
基于上述總量，針對特定類型的Panel，可根據測試結果調整捕獲后擴增循環數。針對納昂達商品化Panel，可參考下表：
|
Panel名稱 |
大小 |
混雜 |
Post-Capture擴增循環數 |
捕獲文庫產出（ng） |
|
Exome Plus Panel 2.0 |
~46 Mb |
1-plex（500 ng） |
8 |
~70 |
|
|
|
12-plex（6,000 ng） |
6 |
~200 |
|
NanOnco Plus Panel v2.0 |
~2.6 Mb |
1-plex（500 ng） |
10 |
~120 |
|
|
|
12-plex（6,000 ng） |
7 |
~80 |
|
NanoHema Research Panel v1.0 |
~1 Mb |
1-plex（500 ng） |
11 |
~70 |
|
|
|
12-plex（6,000 ng） |
7 |
~80 |
|
NanOnCT Panel v1.0 |
~0.4 Mb |
1-plex（500 ng） |
12 |
~80 |
|
|
|
12-plex（6,000 ng） |
8 |
~80 |
|
LungCancer Panel v1.0 |
~0.23 Mb |
1-plex（500 ng） |
14 |
~100 |
|
|
|
12-plex（6,000 ng） |
11 |
~70 |
說明：以上為納昂達針對gDNA或標準品在16 h雜交時長下的經驗循環數及產出。不同實驗室因樣本類型、實驗條件、實驗環境不同可能有所差異。
針對NadPrep?系列產品，在文庫構建及靶向捕獲時的擴增引物如下：
|
接頭類型 |
Pre-Capture 擴增引物 |
Post-Capture 擴增引物 |
說明 |
|---|---|---|---|
|
NadPrep?UDI Adapter |
NadPrep?Amplification Primer Mix |
NadPrep?Amplification Primer Mix |
Illumina?平臺 |
|
NadPrep?M-Adapter / BMI Adapter (SI) |
NadPrep?M-Index Primer Mix (SI) |
M-Amplification Primer Mix (SI) |
MGI平臺 |
|
NadPrep?M-Adapter / BMI Adapter (DI) |
NadPrep?M-Index Primer Mix (MDI) |
M-Amplification Primer Mix (DI) |
MGI平臺 |
NadPrep?系列建庫試劑盒（96 rxn）已包含 Pre/Post-Capture 的相關引物。其中 Post-PCR 引物均為 Illumina 或 MGI 平臺通用引物，也可使用其它同類型產品替代。
為了解除帶有生物素標記的文庫與鏈霉親和素磁珠的結合，可嘗試使用以下二者操作之一（或參考 M270 磁珠官方建議）：
? 溶于 10 mM EDTA、95% 甲酰胺、pH 8.2 的溶液中，混勻并于 65℃下加熱 5 min或 90℃下加熱 2 min；
? 溶于 0.1 % SDS，混勻并加熱煮沸 5 min。
盡管雜交捕獲體系已經過優化，適用于更短時間的雜交。但與 16 h 雜交相比，不同類型的 Panel 隨著雜交時長的縮短，在捕獲文庫總量、捕獲效率、覆蓋均一性等方面皆存在不同程度的降低，詳見下圖。相比中大型 Panel（＞0.4 Mb），小型 Panel（＜0.4 Mb）受到的影響更大。對于有時效性要求的，可對大型 Panel 嘗試縮短雜交時間，但不建議將此種情況用于小型 Panel。
|
產品 |
貨號 |
|
LungCancer Panel v1.0, 16 rxn |
1001922 |
|
LungCancer Panel v1.0, 96 rxn |
1001921 |
產品資料
應用指南
DEMO數據
相關產品
我們的工作人員將在1個工作日內與您取得聯系。
如果有任何問題，歡迎聯系
400 8717 699 或 support@njnad.com。